這是一個系統(tǒng)而復(fù)雜的問題，首先我們先弄明白以下幾點：
1、COD在污水處理中，并不難降下來，難處理的恰恰是氨氮，它叫化學(xué)耗氧量，不是BOD，BOD叫生物耗氧量。換句話說，用菌能處理的只是BOD，并不是COD。BOD是可生化處理的部分，組成BOD的部分主要是有機(jī)質(zhì)，菌劑只能處理BOD。
  一般情況下，COD是大于BOD的，COD中不可生化的部分，菌劑一般是處理不了的。BOD/COD的比值一般是這種污水的可生化性指標(biāo)之一，所以，如果是說到菌劑來處理，我們就只說BOD了。一般情況下，像生活污水、河道、養(yǎng)殖場糞污等，其COD基本上就是BOD。

2、到底用什么菌降低BOD比較好呢？可以這么說，只要是好氧性的細(xì)菌，都能降BOD。差異無非是耗氧分解它們，但在污水處理中，我們更需要經(jīng)過微生物菌劑處理后，能形成菌膠團(tuán)（一種絮狀物團(tuán)塊）。
  在水產(chǎn)養(yǎng)殖中也有用生物絮團(tuán)養(yǎng)殖模式的，這其中的生物絮團(tuán)其實也就是菌膠團(tuán)。為什么要形成菌膠團(tuán)呢，因為我們的目的是為了凈水，而不僅僅是為了分解有機(jī)質(zhì)。凈水的目的就是要把COD中的碳氮元素從污水中拿掉，即富集起來，通過沉淀后去除，徹底的拿掉它，成為干凈透明的水。
  這需要我們的菌不僅要分解有機(jī)質(zhì)，還要吸收它們，成為菌體細(xì)胞，形成菌膠團(tuán)。只有形成有一定沉淀性的菌膠團(tuán)（剛性或粗大的菌膠團(tuán)），才能通過各種沉淀措施（絮凝劑，斜板沉淀池）把它們沉淀下來，再分離出這些沉淀物，從而實現(xiàn)凈水的目的。
  從以上原理上說，我們選擇菌劑就有方向了，分解有機(jī)質(zhì)比較好的是芽孢桿菌，因為芽孢桿菌能分泌非常多的有機(jī)質(zhì)分解胞外酶，并吸收它們，枯草芽孢桿菌就比較好了。如果是處理糞污糞便類的生活污水或養(yǎng)殖場污水，則以糞腸球菌屎腸球菌為好（并配合芽孢桿菌類），結(jié)合解磷解鉀菌類，來釋放磷并被吸收成菌膠團(tuán)中的成分。
  有一些有特殊臭味的如有臭雞蛋氣味硫化氫的，還需要用到硫化物氧化細(xì)菌等。還有為了協(xié)同微生物的作用，還要用到酵母菌（產(chǎn)生B族維生素和細(xì)菌生長因子，為其他菌類提供特殊營養(yǎng)）。為了減少碳源的投入，有光照的污水處理場，還可以用光合細(xì)菌，可以節(jié)省人工碳源（因為光合細(xì)菌能利用二氧化碳作為碳源）。所以，我們所用的菌必須是一種復(fù)合菌。
  說到復(fù)合菌，其實比較好的污水處理廠的菌劑。污水處理廠本身經(jīng)過長期培育出來的叫“活性污泥”，新建議的污水處理場，一般要培育2個月以上。活性污泥中復(fù)雜的微生物與廢水中的有機(jī)營養(yǎng)物形成了復(fù)雜的食物鏈，擔(dān)當(dāng)凈化任務(wù)的是異氧菌和腐生性真菌。細(xì)菌特別是球狀細(xì)菌起者最關(guān)鍵的作用，優(yōu)良運轉(zhuǎn)的活性污泥，是以絲狀菌為骨架由球狀菌組成的菌膠團(tuán)。沉降性好，隨著活性污泥的正常運行，細(xì)菌大量繁殖，開始生長原生動物，是細(xì)菌一次捕食者。
  活性污泥常見的原生動物有鞭毛蟲、肉毛蟲、纖毛蟲和吸管蟲?；钚晕勰喑墒鞎r固著型的纖毛蟲、種蟲占優(yōu)勢；后生動物是細(xì)菌的二次捕食者，如輪蟲、線蟲等只能在溶解氧充足時才出現(xiàn)，所以當(dāng)出現(xiàn)后生動物時說明處理水質(zhì)好轉(zhuǎn)標(biāo)志。所以，實際上活性污泥是一種復(fù)合型的生物相體。在實踐中，我們是以培育適合于本場的活性污泥為主。這種活性污泥，在運轉(zhuǎn)一段時間后，趨于穩(wěn)定，有時為了更好的處理效果，才添加人工菌劑。如強(qiáng)微的“城市垃圾污泥河段處理菌劑”，城市垃圾污泥河段處理菌劑也是一種復(fù)合菌劑，其中有好氧菌也有厭氧菌。
  好氧菌中包括糞腸球菌、屎腸球菌、反硝化細(xì)菌、解磷解鉀菌、硫化物氧化細(xì)菌、酵母菌、乳酸片球菌、枯草芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌。其他芽孢桿菌，模擬自然生態(tài)按合理的比例菌數(shù)復(fù)合而成，我們有處理豬場糞污的經(jīng)驗，一般每個月在活性污泥培育池或直接在曝氣池中添加10克/立方米，一個月添加一次即可，可以顯著增強(qiáng)污水的處理效果。所以說，這個問題本身并不是一個單個的菌能處理得了的，即使是在水產(chǎn)養(yǎng)殖池塘中。其實水產(chǎn)養(yǎng)殖水體也是一個污水處理廠，只是其中的COD、氨氮、總磷含量都極小的污水處理廠，并加上了藻類的生態(tài)系統(tǒng)，能在極短的時間內(nèi)形成動態(tài)的生態(tài)平衡。

3、第三點，要高效處理COD，曝氣是重要的一環(huán)，既然叫化學(xué)耗氧量。生物耗氧量（一般是指五日耗氧量），那么往系統(tǒng)中不斷充入氧氣是必須的，也是重要的一環(huán)，這是耗氧量的氧氣來源，是必不可少的。
只在充足的溶解氧的前提下，微生物分泌的胞外分解酶才能豐富起來。微生物繁殖的速度快，才能快速的把有機(jī)污染物變成菌體細(xì)胞本身，才能較快的形成菌膠團(tuán)。充分的曝氣也是培育活性污泥的手段，以曝氣為主，厭氧為輔。
4、要降BOD，還得有一個合理的BOD/TN的比例，這個比值，也可以叫碳氮比，即BOD和污水中總氮的比值。良好的高效處理有機(jī)污水的這個比值應(yīng)該在10以上為好，也就是說，光有BOD，沒有氮源（實際上不可能沒有氮的，糞污中的氮很多），也是降不了BOD的。這是因為微生物菌劑的生長繁殖，需要C、N、P等主要營養(yǎng)元素，以及其他微量元素等；只有C元素（一般代表BOD）而缺少其他元素，也形成不了菌膠團(tuán)。
  對于采用A/O工藝，即厭氧池/曝氣池交替使用，既脫COD又脫總氮的工藝的。也即反硝化池/硝化池,交替使用，或采用大比例的回流（如回流比600%以上的，也相當(dāng)于交替）的，則BOD/TN的比值最少也要4以上。因為反硝化池會脫氮，間接地也相當(dāng)于提高了碳氮比。
  所以，具體情況要具體分析，并不是說用某一個菌就能處理一切的問題，不是這樣的，不同的污染物來源不同，污水處理廠中所培育出來的活性污泥中的生物相也差別巨大，所用的人工菌劑也會有所不同。所以，這是一個比較系統(tǒng)而復(fù)雜的問題。